因为水中含有少数钙镁离子以及细菌等微生物，换热器在长期使用后光亮的板片上不免会有水垢聚集，细菌繁殖。

水垢是因为水中含有钙镁盐类，部分钙镁盐类的溶解度随着温度的升高而下降，分出的结晶盐聚集附着在板片上形成水垢。水垢导热性差，附着在板片上势必会影响板片的换热效果。若长期得不到有用的整理，越积越多的水垢将减小流转截面（如图中板片的波纹面），加大流转阻力，严重时乃至堵塞流转截面。

因而，定时清洗水垢是保证板换换热效果的基础。现在最常用的清洗办法是化学清洗杀菌法。在清洗时，加入化学剂和杀菌剂，让板片上的水垢，浮锈，细菌等与试剂发作化学反应清洗后排除，复原板片光亮外表。

此外，在日常保护方面，能够恰当加入缓蚀阻垢剂，避免钙镁离子结晶沉积。条件好的能够采用磁化及离子棒防垢处理，钠离子交流处理等办法。